Der Verwaltungsrat besteht aus vom Wirtschaftsprüfertag und den Landesgruppen gewählten Mitgliedern. Er tritt mindestens einmal jährlich zusammen.

Der Verwaltungsrat wählt die ehrenamtlichen Vorstandsmitglieder und den Vorsitzer des Hauptfachausschusses. Er setzt den Wirtschaftsplan fest und erlässt die Beitragsordnung. Außerdem genehmigt er den Jahresabschluss und den Geschäftsbericht und entlastet den Vorstand. Zu seinen Aufgaben zählt es auch, den Abschlussprüfer zu bestellen. Weitere Zuständigkeiten des Verwaltungsrats sind die Ernennung von Ehrenmitgliedern sowie von Mitgliedern des Beirats der Hilfskasse. Außerdem entscheidet er über die Errichtung, Verlegung und Aufgabe von Landesgeschäftsstellen.